Naja, der Mugen hat zwei breite und zwei schmalere Seiten. Den Lüfter kann man auch auf die schmalen Seiten montieren. Das ist zwar suboptimal, aber das Blasen Richtung NT ist auch nicht richtig prima. Letztlich hast du etliche Montagemöglichkeiten.
Bei RAM mit großen Kühlkörpern kann man sich nur durch angepasste Montage behelfen, weil es in Sachen Boardlayout teilweise wirklich eng zugeht und die Kühlkörper plus Lüfter große Dimensionen angenommen haben.
Montiere es so wie du vor hast und achte dann auf deine Temps bei Volllast.
Die Sache mit den Kondensatoren kann vorkommen, wenn der Hersteller einfach "ins Regal greift" und verbaut, was er gerade da hat. Bei den P35-Boards (scheinbar auch bei anderen Herstellern) scheint man aber nach meiner Beobachtung sehr drauf zu achten, diese kurzen Kondis einzusetzen, die bei der P5K-Reihe an zwei Seiten des Boards genutzt werden. Da ist kaum Toleranz und wenn Asus da nur etwas andere verbauen würde, würde es mit dem Kit bspw. nicht mehr klappen bzw. nur noch mit Spacer und Unterlegscheiben.