Видите, а во втором варианте бОльшая часть потока проходит по области с тепловыми трубками, чем в первом.
Проверить бы все варианты основательно, да руки не доходят все время. Если бы ваша компания представила собственное тестирование эффективности кулера в этих двух случаях, в закрытом и открытом стенде, в вертикальном, горизонтальном и горизонтально-вертикальном положении тепловых трубок и т.п. Конечно, собственные опыты - это хорошо, но и "от производителя" не помешает